La galassia è governata da un unico e grande Stato, la Repubblica Galattica, da secoli ormai caduta in una profonda crisi. Essa, così grande e dal sistema antico e inadeguato, non al passo con i tempi, è caduta vittima della corruzione, di cui il Senato Galattico, composto dai rappresentanti dei pianeti aderenti allo Stato galattico, si è fatto portavoce.

Gli stessi Cavalieri Jedi, un ordine di monaci guerrieri garanti della pace e della giustizia, che traggono il potere dalla Forza, hanno inconsapevolmente perso buona parte della propria capacità di vedere il futuro, e di mantenere l' ordine nella Repubblica.

In risposta a una legge sulla tassazione verso le rotte commerciali al di fuori dei confini dello spazio repubblicano, promulgata dal Senato Galattico, la Federazione dei Mercanti, gestita dall' avido viceré Nute Ganray, invade il pianeta Naboo, che di recente ha eletto al governo la giovane regina Amidala. Disperato, il Cancelliere della Repubblica, Valorum, invia due Jedi, Qui-Gon Jinn e Obi Wan Kenobi, in veste di negoziatori.

Giunti sull' astronave ammiraglia della Federazione, il maestro Jedi e il discepolo vengono attaccati dai droidi di Gunray. Giunti segretamente sulla superficie di Naboo, essi cercano di mettersi in contatto con Amidala. Qui Gon intuisce che c' è un piano più ampio dietro a quell' assedio, che non si tratta di una banale questione commerciale, poiché Naboo è troppo lontano dai pianeti più influenti della Repubblica per poter essere seriamente messo sotto embargo. Nute Gunray, infatti, prende ordini da Darth Sidious, un Sith, ovvero uno Jedi rinnegato e malvagio, segretamente sopravvissuto al massacro ordito dagli Jedi un millennio prima. Questo misterioso individuo afferma a Gunray di avere potere in Senato, e promette di revocare la legge sulla tassazione dei confini repubblicani a patto che la Federazione, con il suo intervento, causi una crisi di governo.

Qui-Gon e Obi Wan incontrano Amidala, e la convincono a raggiungere Coruscant, la capitale della Repubblica, per poter esporre il caso del suo mondo al Senato Galattico. Dopo un rocambolesco decollo, l' astronave riesce incredibilmente a raggiungere l' iperpsazio, ma danneggiata al propulsore dell' iperguida. Il fatto li costringere a sostare su Tatooine, un mondo al di fuori dei confini repubblicani e, conseguentemente, del controllo della Federazione.

Mentre cerca i ricambi necessari per l' astronave, Qui Gon incontra il piccolo Anakin Skywalker, uno schiavo di nove anni che vive con la madre e lavora per un avido rottamaio, Watto. L' incontro segnerà una svolta importantissima, ma inattesa: il piccolo, infatti, ha una notevole disposizione naturare per l' uso della Forza, e ciò potrebbe renderlo il Prescelto di cui un' antica profezia Jedi parla da secoli.

Il maestro Jedi vince i pezzi di ricambio scommettendoli al gioco, durante una corsa di bighe a cui il piccolo Anakin partecipa, dando sfoggio di riflessi insoliti per un bambino senza attitudini alla Forza. Oltre a ciò, ottiene la liberazione dello stesso bambino, intenzionato ad addestrarlo per le vie della Forza. A sorpresa, un giovane guerriero dotato di una spada laser aggredisce Qui Gon, che per miracolo riesce a sopravvivere.

Giunta finalmente a Coruscant, Amidala incontra il senatore Palpatine, rappresentante di Naboo, il quale le riferisce che il governo ha le mani legate ed è impotente di fronte a questa crisi. Spronata dal senatore, Amidala richiede una mozione di sfiducia verso il Cancelliere Valorum, con grande approvazione in tutto il Senato Galattico.

Qui-Gon e Obi Wan fanno rapporto al maestro Yoda e a Mace Windu circa il presunto Sith che li ha aggrediti a Tatooine, e il bambino, convinti che sia la chiave per il riscatto della Galassia. Il Consiglio degli Jedi nega l' addestramento di Anakin, in quanto è troppo grande per iniziare il tirocino. In oltre, egli è colmo di odio e di rabbia, precursori al Lato Oscuro, e concludono che se fosse addestrato, egli si rivelerebbe una pericolosa arma di distruzione ai danni du tutta la Galassia. Il grande maestro Jedi riassegna Qui-Gon come guardia del corpo di Amidala, che nel frattempo ha deciso di ritornare a Naboo, volendo respingere la Federazione dei Mercanti a fianco del proprio popolo.

Su questo pianeta rinascimentale, le milizie di droidi vengono sconfitte dai noobiani, alleatisi con l' altro popolo del pianeta, gli anfibi Gungan. Nel frattempo, Qui Gon e Obi Wan affrontano di nuovo Darth Maul, l' allievo del misterioso Maestro Sith Darth Sidious, che uccide Qui-Gon, e viene a sua volta ucciso da Obi Wan.

Terminata la guerra, i vertici della Federazione vengono condotti su Coruscant, mentre Palpatine, appena nominato Cancelliere al posto di Valorum, sopraggiunge per i festeggiamenti. A malincuore, il vecchio Yoda cede all' insistenza di Obi Wan, che, appena divenuto Jedi, aveva promesso al morente Qui-Gon di addestrare il piccolo Anakin.